Di dunia fantasi Earth Clear, setiap orang terlahir dengan Role (kelas) dan Level yang menentukan jalan hidup mereka. Ada yang menjadi Warrior, Mage, Hero, atau Sage, sementara profesi Villager (Penduduk Desa) dianggap sebagai kelas terlemah yang hanya cocok untuk bertani atau berdagang. Tidak ada yang percaya bahwa seorang Villager bisa menjadi petualang, apalagi mengubah dunia. Namun, Kouji Kagami membuktikan bahwa aturan tersebut tidak mutlak. Sejak kecil, ia terus berburu monster tanpa kenal lelah hingga mencapai Level 999, level tertinggi yang belum pernah dicapai siapa pun. Meski memiliki kekuatan yang melampaui Hero sekalipun, Kouji tetap dipandang rendah hanya karena statusnya sebagai Villager. Ia mulai mempertanyakan mengapa dunia memaksa setiap orang hidup sesuai kelas yang diberikan sejak lahir. Perjalanannya berubah drastis ketika ia bertemu Alice Balnesio, putri Raja Iblis. Alih-alih menjadi musuh, Alice memiliki keinginan yang sama, yaitu menghentikan konflik tanpa akhir antara manusia dan bangsa iblis. Pertemuan mereka menjadi awal dari petualangan yang mengguncang fondasi dunia yang selama ini dianggap benar. Seiring perjalanan mereka, Kouji mulai mengungkap rahasia di balik sistem level, kelas, dan takdir yang mengendalikan seluruh penduduk Earth Clear. Cerita ini tidak hanya menghadirkan pertarungan melawan monster dan musuh kuat, tetapi juga mengangkat tema kebebasan, kesetaraan, dan penolakan terhadap sistem yang membatasi potensi seseorang sejak lahir. Meskipun mengusung protagonis yang sangat kuat, Lv999 no Murabito lebih menitikberatkan pada misteri dunia dan perubahan tatanan sosial daripada sekadar aksi karakter overpowered.