Setelah berhasil menyembunyikan identitasnya selama tahun pertama di SMA Osaka Gakuen, Mizuki Ashiya kembali menjalani kehidupan sebagai siswi yang menyamar menjadi laki-laki demi tetap berada di dekat atlet lompat tinggi idolanya, Izumi Sano. Hubungan mereka kini semakin dekat, tetapi rahasia Mizuki juga semakin sulit disembunyikan. Di sisi lain, perasaan Shuuichi Nakatsu terhadap Mizuki semakin kuat, meskipun ia masih percaya bahwa Mizuki adalah seorang laki-laki. Situasi ini membuat kisah cinta segitiga mereka menjadi semakin rumit dan penuh momen lucu sekaligus mengharukan. Memasuki musim kedua, cerita menghadirkan berbagai kegiatan sekolah, festival, pertandingan olahraga, dan kehidupan asrama yang semakin mempererat hubungan para karakter. Di balik suasana sekolah yang penuh tawa, Mizuki terus berjuang menjaga penyamarannya sambil membantu Sano menemukan kembali semangatnya dalam dunia atletik. Sementara itu, hubungan persahabatan dan romansa di antara para siswa berkembang semakin kompleks, menghadirkan berbagai konflik emosional yang harus mereka hadapi bersama. Seperti musim pertamanya, Hanazakari no Kimitachi e 2nd Season menggabungkan komedi, romansa, dan kehidupan sekolah dengan nuansa yang hangat. Namun, season ini memberikan porsi yang lebih besar pada perkembangan hubungan ketiga tokoh utamanya, sekaligus memperlihatkan bagaimana mereka tumbuh dan menghadapi perasaan masing-masing. Cerita tetap mempertahankan ciri khas Hana-Kimi yang penuh humor, persahabatan, dan momen romantis yang membuat penonton terus penasaran hingga akhir.