Setelah menjalani berbagai kekacauan di Peek a Boo Diving Club, Iori Kitahara dan teman-temannya memasuki babak baru dalam kehidupan kampus mereka. Pada musim ketiga ini, petualangan mereka tidak lagi hanya berlangsung di kota pesisir Izu. Untuk pertama kalinya dalam seri anime, mereka melakukan perjalanan ke Palau, sebuah negara kepulauan tropis yang terkenal dengan lautnya yang indah. Apa yang seharusnya menjadi perjalanan menyelam impian justru berubah menjadi rangkaian insiden konyol, pesta minuman yang tak terkendali, dan berbagai situasi memalukan yang menjadi ciri khas Grand Blue. Di tengah liburan tersebut, Iori kembali terjebak dalam berbagai masalah bersama Kouhei Imamura, mulai dari kesalahpahaman, persaingan antarteman, hingga tingkah laku para senior klub yang sama sekali tidak bisa ditebak. Sementara itu, hubungan Iori dengan Chisa Kotegawa, Aina Yoshiwara, dan Nanaka Kotegawa terus berkembang, menghadirkan lebih banyak momen komedi romantis yang dibumbui dengan kekacauan khas kehidupan mahasiswa. Meski dipenuhi humor dewasa, cerita tetap menampilkan keindahan dunia menyelam serta persahabatan erat yang menjadi fondasi utama seri ini. Seperti musim-musim sebelumnya, Grand Blue Season 3 menyeimbangkan komedi absurd dengan momen yang lebih hangat. Di balik pesta liar, tantangan kuliah, dan tingkah konyol para anggota klub, tersimpan kisah tentang persahabatan, kebebasan menikmati masa muda, dan pengalaman yang akan selalu dikenang. Dengan latar baru di Palau, musim ini menghadirkan suasana yang lebih segar sekaligus memperluas petualangan para karakternya.