Tiga puluh tahun setelah kemunculan makhluk asing invasif yang hampir menghancurkan dunia, umat manusia masih hidup dalam bayang-bayang ancaman besar. Meski keselamatan manusia untuk sementara berhasil dijaga, dunia tetap berada di ambang kehancuran, sementara orang-orang menjalani kehidupan sehari-hari sambil berusaha mengabaikan rasa takut terhadap kematian, bencana, dan serangan makhluk berbahaya. Di tengah keadaan tersebut, sebuah organisasi penyelidikan makhluk berbahaya milik PBB yang dikenal sebagai EXCEEDS mulai bergerak untuk menghadapi berbagai krisis yang disebabkan oleh spesies invasif. Cerita dimulai di negara kepulauan Timur Jauh bernama Mizuho, tempat seorang gadis pemburu bernama Kuze Shiina hidup di sebuah pulau terpencil bersama adik satu-satunya, Setsuna. Shiina sebenarnya hanya ingin menjalani kehidupan tenang dan membesarkan Setsuna dengan baik. Namun, pekerjaannya sebagai pemburu pembasmi makhluk berbahaya perlahan menyeretnya ke dalam peristiwa besar yang menghubungkan dirinya dengan EXCEEDS, ancaman dunia, dan pertempuran baru yang penuh sihir, senjata, serta dendam dari masa lalu.